Im bis 120 m mächtigen Unteren Muschelkalk, früher auch Wellenkalk oder Wellengebirge genannt, herrschen dünnschichtige, wellig gebankte Kalkmergel vor. Dieses Leitgestein bildet die beckenweit verbreitete Jena-Formation, die durch drei charakteristische Leitbankgruppen untergliedert wird: die Oolithbänke, die Terebratelbänke und die Schaumkalkbänke. In Süddeutschland gehen die Wellenkalke in die tonig-dolomitische Freudenstadt-Formation über, gegen den südwestlichen Beckenrand (Eifel, Pfalz, Elsass) in die marinen Sandsteine der Udelfangen-Formation, nach Südosten (Oberpfalz) der Eschenbach-Formation. Am äußersten südöstlichen Beckenrand herrscht die festländisch geprägte Grafenwöhr-Formation, welche fast die gesamte Trias umfasst und vielleicht auch noch permische Anteile hat. In Brandenburg ersetzen im oberen Teil des Unteren Muschelkalks ca. 70 m dickbankige Oolith- und Schillkalksteine der Rüdersdorf-Formation die Wellenkalke. In den Niederlanden dehnten sich Karbonatwatten aus, die zeitweilig trocken fielen (Vossenveld-Formation). Im südlichen Polen bilden Gogolin-, Gorasdze-, Terebratula- und Karchowitz-Formation den Unteren Muschelkalk, dessen Faunen bereits stark von der Tethys beeinflusst sind.
Die Transgression des Muschelkalkmeeres verlief über mehrere 10.000 bis 100.000 Jahre von Südosten nach Westen. Während in Oberschlesien bereits marine Kalke der Gogolin-Formation mit Crinoiden abgelagert wurden, herrschten in Süddeutschland noch Plattensandstein und Röttone des Oberen Buntsandsteins.
Die Kalksteine der Jena-Formation liefern den Rohstoff für Schotter und Splitt, aber auch für Zement. Schotterwerk Werbach.
Leitgestein der Jena-Formation ist der Wellenkalk, der durch Sedimentstrukturen wie Erosionsrinnen, Hartgründe und seismisch ausgelöste Rutschungen gekennzeichnet ist.
Mächtige Oolith- und Schillkalke mit angebohrten Hartgrundlagen liefern regional wichtige Bausteine, die in Nord- und Mitteldeutschland ganze historische Baulandschaften charakterisieren. Prominente Beispiele sind die Dome zu Königslutter und Naumburg oder die Berliner Marienkirche.
Die Grenze zwischen Buntsandstein und Muschelkalk wird in Deutschland am Umschlag von roten und grauen Tonsteinen zu marinem Karbonatgestein gezogen, dem sog. Grenzgelbkalk. Im aufgelassenen Steinbruch bei Hammelburg ist diese markante Grenze aufgeschlossen. In Polen liegt die Muschelkalk-Basis tiefer.
Im Maintal unterhalb Würzburg oder im Saaletal bei Jena bilden die Leitbänke der Jena-Formation Felskränze. Auf den Trockenrasen leben wärmeliebende Pflanzen und Tiere. Im Foto das Maintal bei Karlstadt.
Im tieferen Teil des Unteren Muschelkalks dominieren die dolomitischen Mergelsteine der Freudenstadt-Formation. Bei Braunsbach am Kocher prallt der Fluss gegenüber der Grimmbach-Mündung gegen diese Dolomitmergel und bildet ein „Kleb“. So nennt man im Fränkischen eine Klippe oder Kliff.