Das Muschelkalkmuseum Hagdorn Stadt Ingelfingen verfügt über eine Sammlung von mehr als 25.000 Einzelstücken und Serien von Fossilien, Mineralien und Gesteinen, darunter zahlreiche Belege zu Publikationen und eine Reihe von Typusexemplaren. Der Schwerpunkt liegt auf Fossilmaterial aus der Mittleren Trias (Anisium, Ladinium) von Mitteleuropa (Wirbellose und Wirbeltiere aus Muschelkalk und Unterkeuper, besonders Muschelkalk-Echinodermen), und triassischen Seelilien weltweit. Kleinere Sammlungen von Seeigeln und Seelilien aus anderen erdgeschichtlichen Perioden ergänzen den Sammlungsbestand. Das Material ist mit traditioneller Etikettierung gut dokumentiert und steht für Forschungszwecke zur Verfügung. Anfragen sind an den Museumsleiter Dr. Hans Hagdorn zu richten. Das Akronym des Museums ist MHI (Muschelkalkmuseum Hagdorn Ingelfingen). Publiziertes Material wird unter diesem Akronym in laufender Nummerierung erfasst. Ein gedruckter Katalog der Typus- und Belegstücke oder eine elektronische Datenbank liegen nicht vor, wären jedoch wünschenswert.
Nach überschlägiger Schätzung umfasste die Sammlung im Jahr 2020 im Einzelnen:
| Stromatolithe und Onkolithe | 45 Stücke |
| Dasycladales | 20 Stücke |
| Makropflanzen aus Muschelkalk und Lettenkeuper | 500 Stücke |
| Kieselhölzer aus dem Mittelkeuper | 40 Stücke |
| Porifera | 30 Stücke |
| Anthozoa | 150 Stücke |
| Hydrozoa | 35 Stücke |
| Microconchida | 60 Stücke |
| Bryozoa | 20 Stücke |
| Brachiopoda | 2400 Stücke und Serien |
| Arthropoda | |
| Ostracoda und Spinicaudata | 50 Proben |
| Hexapoda | 3 Stücke |
| Decapoda | 130 Stücke |
| Mollusca | |
| Scaphopoda | 40 Stücke |
| Gastropoda | 230 Stücke und Serien |
| Bivalvia | 3500 Stücke und Serien |
| Cephalopoda | 5000 Stücke und Serien |
| Echinodermata | |
| Crinoidea | 2250 Stücke und Serien |
| Echinoidea | 180 Stücke und Serien |
| Holothuroidea | 5 Stücke |
| Ophiuroidea | 320 Stücke und Serien |
| Asteroidea | 70 Stücke |
| schichtspezifische Aufsammlungen aus Muschelkalk, Unterkeuper und Oberem Buntsandstein von Einzellokalitäten, zumeist Mollusca | 2700 Stücke |
| Wirbeltiere aus Muschelkalk und Unterkeuper: Chondrichthyes, Actinopterygia, Sarcopterygia | 750 Stücke und Serien |
| Temnospondyla | 860 Stücke, darunter 30 Schädel |
| Reptilia | 1200 Stücke, darunter 8 Schädel |
| Spurenfossilien | 290 Stücke |
| Bonebedproben | 100 |
| Mineral- und Gesteinsproben | 460 Stücke |
| Spezialsammlungen aus mitteltriassischer Muschelkalkfazies von Südfrankreich, Spanien, Ungarn, Israel, Jordanien, Saudi Arabien | 350 Stücke und Serien |
| Spezialsammlungen aus tethyaler, borealer und pazifischer Trias der Alpen, aus Ungarn, Griechenland, Bosnien, Timor, Süd-China, Russland, Nordamerika | 2400 Stücke |
| Spezialsammlung Seeigel | 1600 Stücke |
| Nicht-triassische Seelilien | 250 Stücke und Serien |
| Echinodermen und andere Fossilien aus der Kreide von Mön | 300 Stücke |
| Mammut-Stoßzahn | 1 |
Die Sammlung wächst Jahr für Jahr durch eigene Aufsammlungen und Zustiftung ganzer Sammlungen.
Das Museum hält eine gut sortierte einschlägige Bibliothek mit Reihen wichtiger regionaler und internationaler Zeitschriften, Karten, Sonderdrucke und Bücher sowie ein Fotoarchiv (Farbdia, Schwarzweißbilder und -negative, elektronische Bilddateien). Ausleihe von Literatur und Archivalien ist nicht möglich.
Die Wirbellosen sind nach der biologischen Systematik und nach Fundkomplexen in ausgemusterten historischen Vitrinenschränken aufbewahrt.
In einem weiteren Schrankkomplex lagern mehr als 6000 zum großen Teil horizontiert gesammelte Ceratiten und Nautiliden.
In ehemaligen Apothekenschränken werden die empfindlichen Wirbeltierreste sicher verwahrt.
Beispiel einer Schublade mit Wirbeltierresten
Beispiel einer Schublade mit Seelilienresten
Beispiel älterer und neuer Sammlungsetiketten
Beispiel für Direktbeschriftung größerer Objekte
Blick in die Zeitschriftenbibliothek des Muschelkalkmuseums.
Foto- und Diaarchiv. Erfasst sind Fossilien und Aufschlüsse aus den letzten 40 Jahren.