Die Muscheln haben dem Muschelkalk nicht nur den Namen gegeben, sondern sie sind auch seine häufigsten Fossilien. Den Namen prägte Georg Christian Füchsel bereits im Jahr 1761, und damit ist „Muschelkalk“ einer der ältesten stratigraphischen Begriffe. Mit ihrer Gehäuseform und ihrem Vorkommen in bestimmten Sedimenten liefern die Muscheln dem Paläontologen den Schlüssel für die Rekonstruktion von triaszeitlichen Biotopen. So dominieren Muscheln in den meisten Fossilgemeinschaften des Muschelkalks, die sich nach dem Sedimenttyp gliedern lassen in:
- Schlammgrundgemeinschaften mit grabenden Filtrieren und Sedimentfressern
- Sand- und Kalksandgemeinschaften mit grabenden Filtrierern
- Fest- und Schillgrundgemeinschaften mit festsitzenden Filtrierern
Wie unter den heute lebenden grabenden Muscheln gab es auch im Muschelkalkmeer Plankton-Filtrierer, die ihre Nahrung aktiv einstrudeln, und solche, die aus dem Meeresboden Nahrungspartikel aufnehmen. Daneben gab es großwüchsige Formen wie die Feilenmuscheln und die austernartigen Terquemien, die sich auf festem Substrat anhefteten und sogar kleine Bioherme, riffartige Strukturen, aufbauten. Diese haben kalzitische Schalenschichten und sind deshalb im Muschelkalk besser erhalten als die aragonitschaligen grabenden Arten, die meist nur als Steinkerne vorliegen.
Wo infolge von bodenberührenden Stürmen flach im Sediment grabende Muscheln erodiert wurden, sammelten sich ihre Klappen und wurden von der Strömung so in die stabile Lage eingekippt, dass die Wölbung nach oben zeigt. Längliche Körper wie die Dentalien-Röhren wurden eingesteuert. Solche Vorkommen bezeichnet man als Muschelpflaster.
Die Glatte Kammmuschel Pleuronectites laevigatus ist Typusart der Familie Pleuronectitidae. Nicht selten sind in der kalzitischen äußeren Schalenschicht rötliche Farbstreifen erhalten. Unter Einfluss von Drucklösung zeigen sich die pigmentierten Streifen lösungsresistenter als ungefärbte Bereiche und werden zur Pseudoskulptur.
Larven der kleinen austernarigen Muschel Placunopsis siedelten sich auf allerhand festem Untergrund an, z. B. auf Ceratitenschalen. Nach dem Tod einer Muschel fiel die freie Klappe ab und die festgewachsene verblieb auf ihrer Unterlage. Auf diese Weise entstanden im Oberen Muschelkalk kleine Riffstotzen aus tausenden von Placunopsis-Muscheln. Hier wurde ein Ceratites robustus von den kleinen Austern überkrustet.